Atelier Firis: The Alchemist and the Mysterious Journey leva a extensa licença a novos patamares com uma opção completamente nova onde se pode escolher o percurso narrativo que se pretende seguir. Depois de passarem no exame, os jogadores podem seguir três percursos diferentes que se centram nos três principais aspetos da série Atelier – Alquimia, Combate e Relações entre as personagens. A escolha assumirá um papel muito importante nos acontecimentos que podem ser experienciados ao longo do jogo, com a possibilidade de se poder trocar de percurso a qualquer momento durante esta extraordinária aventura